Không có vắc xin phòng mọi trường hợp đau bụng hay tiêu chảy, nhưng nhiều bệnh tiêu hóa nguy hiểm như Rotavirus, tả, thương hàn hay viêm gan A đã có thể phòng ngừa bằng vắc xin. Tuy vậy, ăn chín uống sôi và giữ vệ sinh khi ăn uống vẫn là cách bảo vệ quan trọng nhất.